Методы предсказания амилоидной структуры и прионных свойств белков: состояние и перспективы

Ганкин Матвей Михайлович
Бесплатно
В избранное
Работа доступна по лицензии Creative Commons:«Attribution» 4.0

Амилоиды – фибриллярные белковые агрегаты, обладающие кросс-бета структурой. Существование амилоидов неразрывно связано с рядом патологий человека и животных. Кроме того, в последние десятилетия амилоиды рассматривают и как функциональные белковые агрегаты, участвующие в выполнении важных биологических функций у представителей всех доменов живых организмов. При этом, кросс-бета структура делает эти агрегаты чрезвычайно устойчивыми механически и термодинамически, что усложняет их исследование in vitro и in vivo. В связи с этим особый интерес представляет возможность предсказывать амилоидные свойства белков на основе уже известных последовательностей при помощи биоинформатических подходов. Целью нашего исследования является сравнительный анализ эффективности существующих инструментов предсказания амилоидных и прионных свойств белков. На основе анализа литературы мы выявили четыре группы подходов, которые используются при предсказании амилоидогенных свойств белков: это машинное обучение, композиционный подход, использование индивидуальных свойств аминокислот или консенсусное использование сразу нескольких подходов. Мы протестировали 14 различных предикторов на последовательностях выборок амилоидных и неамилоидных белков. Согласно полученным результатам, существующие предикторы неспособны отличить на основе полной последовательности амилоидогенные белки от неамилоидогенных. Вероятно, это связано с тем, что почти все эти предикторы были разработаны на основе анализа последовательностей амилоидогенных участков, а не полноразмерных белков, в которых амилоидогенные участки чередуются с неамилоидогенными. Дальнейшее накопление экспериментальных данных об амилоидах у различных организмов и их использование при разработке перспективных предикторов может помочь решить проблему эффективного предсказания амилоидных свойств полноразмерных белков.

Содержание ……………………………………………………………………………………………………………………2
Введение ………………………………………………………………………………………………………………………..3
1. Обзор литературы ……………………………………………………………………………………………………….5
1.1. Понятие «амилоид» ………………………………………………………………………………………………….5
1.2. Классификация амилоидов ……………………………………………………………………………………….6
1.3. Экспериментальные методы исследования амилоидов ………………………………………………8
1.4. Биоинформатическое предсказание амилоидогенных свойств белков ………………………10
1.4.1 Предикторы, основанные на машинном обучении …………………………………………………11
1.4.2 Предикторы, основанные на использовании индивидуальных свойств аминокислот 13
1.4.3 Предикторы основанные на композиционном подходе ………………………………………….15
1.4.4 Консенсусный предиктор ……………………………………………………………………………………..18
2. Материалы и методы …………………………………………………………………………………………………28
2.1. Данные …………………………………………………………………………………………………………………..28
2.2. Тестирование предикторов ……………………………………………………………………………………..28
2.3. Обработка полученных результатов ………………………………………………………………………..29
3. Результаты и обсуждение ………………………………………………………………………………………….30
4. Выводы …………………………………………………………………………………………………………………….35
Список источников литературы …………………………………………………………………………………….36
Благодарности ………………………………………………………………………………………………………………43

Термин «амилоид» был впервые использован Матиасом Шлейденом в 1838 г.
применительно к конгломератам крахмала в клетках растений. Спустя 16 лет этот термин
использовался Рудольфом Людвигом Карлом Вирховым для описания патологических
включений в тканях «восковой» печени, которые по аналогии с крахмалом окрашивались
йодом. С тех пор наши представления об этих агрегатах изменились и на данный момент
амилоиды можно определить как фибриллярные белки, обладающие кросс-бета
структурой: четвертичная структура бета-тяжей образует набор связанных параллельных
слоев, перпендикулярных длинной оси фибриллы [Нижников, Антонец, Инге-Вечтомов,
2015]

1. Ahmed A. B. et al. A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis //
Alzheimer’s Dement. 2015. Т. 11. № 6. С. 681–690.

Заказать новую

Лучшие эксперты сервиса ждут твоего задания

от 5 000 ₽

Не подошла эта работа?
Закажи новую работу, сделанную по твоим требованиям

    Нажимая на кнопку, я соглашаюсь на обработку персональных данных и с правилами пользования Платформой

    Хочешь уникальную работу?

    Больше 3 000 экспертов уже готовы начать работу над твоим проектом!

    Вики Р.
    5 (44 отзыва)
    Наличие красного диплома УрГЮУ по специальности юрист. Опыт работы в профессии - сфера банкротства. Уровень выполняемых работ - до магистерских диссертаций. Написан... Читать все
    Наличие красного диплома УрГЮУ по специальности юрист. Опыт работы в профессии - сфера банкротства. Уровень выполняемых работ - до магистерских диссертаций. Написание письменных работ для меня в удовольствие.Всегда качественно.
    #Кандидатские #Магистерские
    60 Выполненных работ
    Олег Н. Томский политехнический университет 2000, Инженерно-эконо...
    4.7 (96 отзывов)
    Здравствуйте! Опыт написания работ более 12 лет. За это время были успешно защищены более 2 500 написанных мною магистерских диссертаций, дипломов, курсовых работ. Явл... Читать все
    Здравствуйте! Опыт написания работ более 12 лет. За это время были успешно защищены более 2 500 написанных мною магистерских диссертаций, дипломов, курсовых работ. Являюсь действующим преподавателем одного из ВУЗов.
    #Кандидатские #Магистерские
    177 Выполненных работ
    Андрей С. Тверской государственный университет 2011, математический...
    4.7 (82 отзыва)
    Учился на мат.факе ТвГУ. Любовь к математике там привили на столько, что я, похоже, никогда не перестану этим заниматься! Сейчас работаю в IT и пытаюсь найти время на... Читать все
    Учился на мат.факе ТвГУ. Любовь к математике там привили на столько, что я, похоже, никогда не перестану этим заниматься! Сейчас работаю в IT и пытаюсь найти время на продолжение диссертационной работы... Всегда готов помочь! ;)
    #Кандидатские #Магистерские
    164 Выполненных работы
    Виктор В. Смоленская государственная медицинская академия 1997, Леч...
    4.7 (46 отзывов)
    Имеют опыт грамотного написания диссертационных работ по медицине, а также отдельных ее частей (литературный обзор, цели и задачи исследования, материалы и методы, выв... Читать все
    Имеют опыт грамотного написания диссертационных работ по медицине, а также отдельных ее частей (литературный обзор, цели и задачи исследования, материалы и методы, выводы).Пишу статьи в РИНЦ, ВАК.Оформление патентов от идеи до регистрации.
    #Кандидатские #Магистерские
    100 Выполненных работ
    Кирилл Ч. ИНЖЭКОН 2010, экономика и управление на предприятии транс...
    4.9 (343 отзыва)
    Работы пишу, начиная с 2000 года. Огромный опыт и знания в области экономики. Закончил школу с золотой медалью. Два высших образования (техническое и экономическое). С... Читать все
    Работы пишу, начиная с 2000 года. Огромный опыт и знания в области экономики. Закончил школу с золотой медалью. Два высших образования (техническое и экономическое). Сейчас пишу диссертацию на соискание степени кандидата экономических наук.
    #Кандидатские #Магистерские
    692 Выполненных работы
    Александр О. Спб государственный университет 1972, мат - мех, преподав...
    4.9 (66 отзывов)
    Читаю лекции и веду занятия со студентами по матанализу, линейной алгебре и теории вероятностей. Защитил кандидатскую диссертацию по качественной теории дифференциальн... Читать все
    Читаю лекции и веду занятия со студентами по матанализу, линейной алгебре и теории вероятностей. Защитил кандидатскую диссертацию по качественной теории дифференциальных уравнений. Умею быстро и четко выполнять сложные вычислительные работ
    #Кандидатские #Магистерские
    117 Выполненных работ
    Александра С.
    5 (91 отзыв)
    Красный диплом референта-аналитика информационных ресурсов, 8 лет преподавания. Опыт написания работ вплоть до докторских диссертаций. Отдельно специализируюсь на повы... Читать все
    Красный диплом референта-аналитика информационных ресурсов, 8 лет преподавания. Опыт написания работ вплоть до докторских диссертаций. Отдельно специализируюсь на повышении уникальности текста и оформлении библиографических ссылок по ГОСТу.
    #Кандидатские #Магистерские
    132 Выполненных работы
    Егор В. кандидат наук, доцент
    5 (428 отзывов)
    Здравствуйте. Занимаюсь выполнением работ более 14 лет. Очень большой опыт. Более 400 успешно защищенных дипломов и диссертаций. Берусь только со 100% уверенностью. Ск... Читать все
    Здравствуйте. Занимаюсь выполнением работ более 14 лет. Очень большой опыт. Более 400 успешно защищенных дипломов и диссертаций. Берусь только со 100% уверенностью. Скорее всего Ваш заказ будет выполнен раньше срока.
    #Кандидатские #Магистерские
    694 Выполненных работы
    Анна В. Инжэкон, студент, кандидат наук
    5 (21 отзыв)
    Выполняю работы по экономическим дисциплинам. Маркетинг, менеджмент, управление персоналом. управление проектами. Есть опыт написания магистерских и кандидатских диссе... Читать все
    Выполняю работы по экономическим дисциплинам. Маркетинг, менеджмент, управление персоналом. управление проектами. Есть опыт написания магистерских и кандидатских диссертаций. Работала в маркетинге. Практикующий бизнес-консультант.
    #Кандидатские #Магистерские
    31 Выполненная работа

    Другие учебные работы по предмету

    Метаболомы литоральных водорослей-макрофитов Белого моря
    📅 2018год
    🏢 Санкт-Петербургский государственный университет