Методы предсказания амилоидной структуры и прионных свойств белков: состояние и перспективы

Ганкин Матвей Михайлович
Бесплатно
В избранное
Работа доступна по лицензии Creative Commons:«Attribution» 4.0

Амилоиды – фибриллярные белковые агрегаты, обладающие кросс-бета структурой. Существование амилоидов неразрывно связано с рядом патологий человека и животных. Кроме того, в последние десятилетия амилоиды рассматривают и как функциональные белковые агрегаты, участвующие в выполнении важных биологических функций у представителей всех доменов живых организмов. При этом, кросс-бета структура делает эти агрегаты чрезвычайно устойчивыми механически и термодинамически, что усложняет их исследование in vitro и in vivo. В связи с этим особый интерес представляет возможность предсказывать амилоидные свойства белков на основе уже известных последовательностей при помощи биоинформатических подходов. Целью нашего исследования является сравнительный анализ эффективности существующих инструментов предсказания амилоидных и прионных свойств белков. На основе анализа литературы мы выявили четыре группы подходов, которые используются при предсказании амилоидогенных свойств белков: это машинное обучение, композиционный подход, использование индивидуальных свойств аминокислот или консенсусное использование сразу нескольких подходов. Мы протестировали 14 различных предикторов на последовательностях выборок амилоидных и неамилоидных белков. Согласно полученным результатам, существующие предикторы неспособны отличить на основе полной последовательности амилоидогенные белки от неамилоидогенных. Вероятно, это связано с тем, что почти все эти предикторы были разработаны на основе анализа последовательностей амилоидогенных участков, а не полноразмерных белков, в которых амилоидогенные участки чередуются с неамилоидогенными. Дальнейшее накопление экспериментальных данных об амилоидах у различных организмов и их использование при разработке перспективных предикторов может помочь решить проблему эффективного предсказания амилоидных свойств полноразмерных белков.

Содержание ……………………………………………………………………………………………………………………2
Введение ………………………………………………………………………………………………………………………..3
1. Обзор литературы ……………………………………………………………………………………………………….5
1.1. Понятие «амилоид» ………………………………………………………………………………………………….5
1.2. Классификация амилоидов ……………………………………………………………………………………….6
1.3. Экспериментальные методы исследования амилоидов ………………………………………………8
1.4. Биоинформатическое предсказание амилоидогенных свойств белков ………………………10
1.4.1 Предикторы, основанные на машинном обучении …………………………………………………11
1.4.2 Предикторы, основанные на использовании индивидуальных свойств аминокислот 13
1.4.3 Предикторы основанные на композиционном подходе ………………………………………….15
1.4.4 Консенсусный предиктор ……………………………………………………………………………………..18
2. Материалы и методы …………………………………………………………………………………………………28
2.1. Данные …………………………………………………………………………………………………………………..28
2.2. Тестирование предикторов ……………………………………………………………………………………..28
2.3. Обработка полученных результатов ………………………………………………………………………..29
3. Результаты и обсуждение ………………………………………………………………………………………….30
4. Выводы …………………………………………………………………………………………………………………….35
Список источников литературы …………………………………………………………………………………….36
Благодарности ………………………………………………………………………………………………………………43

Термин «амилоид» был впервые использован Матиасом Шлейденом в 1838 г.
применительно к конгломератам крахмала в клетках растений. Спустя 16 лет этот термин
использовался Рудольфом Людвигом Карлом Вирховым для описания патологических
включений в тканях «восковой» печени, которые по аналогии с крахмалом окрашивались
йодом. С тех пор наши представления об этих агрегатах изменились и на данный момент
амилоиды можно определить как фибриллярные белки, обладающие кросс-бета
структурой: четвертичная структура бета-тяжей образует набор связанных параллельных
слоев, перпендикулярных длинной оси фибриллы [Нижников, Антонец, Инге-Вечтомов,
2015]

1. Ahmed A. B. et al. A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis //
Alzheimer’s Dement. 2015. Т. 11. № 6. С. 681–690.

Заказать новую

Лучшие эксперты сервиса ждут твоего задания

от 5 000 ₽

Не подошла эта работа?
Закажи новую работу, сделанную по твоим требованиям

    Нажимая на кнопку, я соглашаюсь на обработку персональных данных и с правилами пользования Платформой

    Хочешь уникальную работу?

    Больше 3 000 экспертов уже готовы начать работу над твоим проектом!

    Татьяна Б.
    4.6 (92 отзыва)
    Добрый день, работаю в сфере написания студенческих работ более 7 лет. Всегда довожу своих студентов до защиты с хорошими и отличными баллами (дипломы, магистерские ди... Читать все
    Добрый день, работаю в сфере написания студенческих работ более 7 лет. Всегда довожу своих студентов до защиты с хорошими и отличными баллами (дипломы, магистерские диссертации, курсовые работы средний балл - 4,5). Всегда на связи!
    #Кандидатские #Магистерские
    138 Выполненных работ
    Мария М. УГНТУ 2017, ТФ, преподаватель
    5 (14 отзывов)
    Имею 3 высших образования в сфере Экологии и техносферной безопасности (бакалавриат, магистратура, аспирантура), работаю на кафедре экологии одного из опорных ВУЗов РФ... Читать все
    Имею 3 высших образования в сфере Экологии и техносферной безопасности (бакалавриат, магистратура, аспирантура), работаю на кафедре экологии одного из опорных ВУЗов РФ. Большой опыт в написании курсовых, дипломов, диссертаций.
    #Кандидатские #Магистерские
    27 Выполненных работ
    Катерина М. кандидат наук, доцент
    4.9 (522 отзыва)
    Кандидат технических наук. Специализируюсь на выполнении работ по метрологии и стандартизации
    Кандидат технических наук. Специализируюсь на выполнении работ по метрологии и стандартизации
    #Кандидатские #Магистерские
    836 Выполненных работ
    Дарья П. кандидат наук, доцент
    4.9 (20 отзывов)
    Профессиональный журналист, филолог со стажем более 10 лет. Имею профильную диссертацию по специализации "Радиовещание". Подробно и серьезно разрабатываю темы научных... Читать все
    Профессиональный журналист, филолог со стажем более 10 лет. Имею профильную диссертацию по специализации "Радиовещание". Подробно и серьезно разрабатываю темы научных исследований, связанных с журналистикой, филологией и литературой
    #Кандидатские #Магистерские
    33 Выполненных работы
    Вики Р.
    5 (44 отзыва)
    Наличие красного диплома УрГЮУ по специальности юрист. Опыт работы в профессии - сфера банкротства. Уровень выполняемых работ - до магистерских диссертаций. Написан... Читать все
    Наличие красного диплома УрГЮУ по специальности юрист. Опыт работы в профессии - сфера банкротства. Уровень выполняемых работ - до магистерских диссертаций. Написание письменных работ для меня в удовольствие.Всегда качественно.
    #Кандидатские #Магистерские
    60 Выполненных работ
    Татьяна С. кандидат наук
    4.9 (298 отзывов)
    Большой опыт работы. Кандидаты химических, биологических, технических, экономических, юридических, философских наук. Участие в НИОКР, Только актуальная литература (пос... Читать все
    Большой опыт работы. Кандидаты химических, биологических, технических, экономических, юридических, философских наук. Участие в НИОКР, Только актуальная литература (поставки напрямую с издательств), доступ к библиотеке диссертаций РГБ
    #Кандидатские #Магистерские
    551 Выполненная работа
    Екатерина Д.
    4.8 (37 отзывов)
    Более 5 лет помогаю в написании работ от простых учебных заданий и магистерских диссертаций до реальных бизнес-планов и проектов для открытия своего дела. Имею два об... Читать все
    Более 5 лет помогаю в написании работ от простых учебных заданий и магистерских диссертаций до реальных бизнес-планов и проектов для открытия своего дела. Имею два образования: экономист-менеджер и маркетолог. Буду рада помочь и Вам.
    #Кандидатские #Магистерские
    55 Выполненных работ
    Алёна В. ВГПУ 2013, исторический, преподаватель
    4.2 (5 отзывов)
    Пишу дипломы, курсовые, диссертации по праву, а также истории и педагогике. Закончила исторический факультет ВГПУ. Имею высшее историческое и дополнительное юридическо... Читать все
    Пишу дипломы, курсовые, диссертации по праву, а также истории и педагогике. Закончила исторический факультет ВГПУ. Имею высшее историческое и дополнительное юридическое образование. В данный момент работаю преподавателем.
    #Кандидатские #Магистерские
    25 Выполненных работ
    Кирилл Ч. ИНЖЭКОН 2010, экономика и управление на предприятии транс...
    4.9 (343 отзыва)
    Работы пишу, начиная с 2000 года. Огромный опыт и знания в области экономики. Закончил школу с золотой медалью. Два высших образования (техническое и экономическое). С... Читать все
    Работы пишу, начиная с 2000 года. Огромный опыт и знания в области экономики. Закончил школу с золотой медалью. Два высших образования (техническое и экономическое). Сейчас пишу диссертацию на соискание степени кандидата экономических наук.
    #Кандидатские #Магистерские
    692 Выполненных работы

    Другие учебные работы по предмету

    Метаболомы литоральных водорослей-макрофитов Белого моря
    📅 2018год
    🏢 Санкт-Петербургский государственный университет